分離是氣相色譜儀的基本機(jī)能。分離過(guò)程在色譜柱子內(nèi)進(jìn)行。色譜柱是由涂在惰性載體上的固定相組成的填充物填充起來(lái)的長(zhǎng)管，常分為填充柱和毛細(xì)管柱。

　由A和B組分組成的混合物被注入氣態(tài)的不斷地從柱子中流過(guò)的流動(dòng)相。當(dāng)流過(guò)柱于的時(shí)候，組分A和B將與固定相相互作用，而與流動(dòng)相卻全然不發(fā)生影響。因此，當(dāng)它們通過(guò)柱子時(shí)，A和B將被推遲。在組分B與固定相的相互作用程度比A更大，因而混合物就將分離。理想的是，當(dāng)組分到達(dá)柱子末端時(shí)，混合物被*分離。

　由柱子流出來(lái)的組分經(jīng)適當(dāng)?shù)臋z測(cè)器進(jìn)行測(cè)量，信號(hào)由色譜工作站記錄而得出色譜圖。這一譜圖由一連串的峰組成，每一個(gè)峰表示流出的一個(gè)組分，并且其數(shù)目等于組分的數(shù)目。流出的時(shí)間可以用來(lái)標(biāo)識(shí)混合物的組分．因而定義為某一組分的流出時(shí)間或者保留時(shí)間。

　理想情況下，色譜圖的峰是*分開(kāi)的。在基線(xiàn)處的峰寬是很窄的，甚至在出樣的末端也是如此。這一性能用效率和分辨率來(lái)衡量，它們可由從譜圖上測(cè)量的幾個(gè)簡(jiǎn)單數(shù)據(jù)計(jì)算出來(lái)。